הרב ר' יצחק אברבנאל אף הוא היה מתכוין לפרש. וכתב בפירוש התורה (שמות לא, ג) בפסוק "ואמלא אותו רוח אלהים בחכמה בתבונה ובדעת". "החכמה היא העיונית המעיינת בדברים ההכרחים שאינן תלויות בבחירתנו. והתבונה היא במדות ובשכל המעשי, המעיין בדברים התלויים בבחירתנו". ע"כ. ובספר "מעין גנים" התבאר שכל עיון והשגה הוא בכח הבינה. ולא יפול על זה לשון חכמה. ונודע שהעיונית המעיינת איננה החכמה. וכבר רמזנו על זה למעלה (חלון ב'). וזאת התשובה גם היא על דעת רלב"ג ז"ל. גם הענין להפך ממה שחשב הרב ז"ל. שאין לשון חכמה נופל זולתי על דברים התלויים בבחירת האדם, ובעבורן יתואר "חכם" כמו שיתבאר. וה"תבונה" גם בדברים שאינן תלויין בבחירת האדם. והקורא בספר זה יתברר לו שכל כתבי הקדש מנגד לדברי הרב ז"ל יעמודו:
ואולם החכם ראב"ע ז"ל פירש בפסוק זה "החכמה היא הצורות העצורות באחורנית מוח הראש". ע"כ. והטיב לראות. כי כח השומר הצורות הנטוע בנפש האדם הוא יסוד כח החכמה וכמו שיתבאר (בחדר השני). אכן לא פירש בדבריו מה הן הדברים שנופל עליהן לשון "חכמה". כי כח השומר יעצור גם דברי הבל ותחבולות רעות כמו שיעצור הענינים ההגונים. ואם כן נשאל התקראנה גם אלה חכמות, בעבור שהן נעצרים בכח השומר? ובמקומות רבים מספריו ראיתי שפירש גם הוא לשונות חכמה על ההשכלה וההתבוננות. וכבר בארנו שאין הדבר כן: