חדר ג ובו יו"ד חלונות כח החכמה נטוע בנפש האדם לבדה, איננה בנפשות שאר בעלי החיים. נושאי החכמה גם הם בנפש האדם לבדה, לא בנפשות שאר בעלי החיים. נפש האדם כוללת לבדה כל כחות מעשה בראשית. לא שאר הנפשות. בנפש האדם כחו, והפוכי כחות. אין הפוכי הכחות בשאר הנפשות. אין גבול בטבע לכחות נפש האדם. כחות שאר הנפשות מוגבלות בטבע. תאר "חכם" הושאל לשם ב"ה. לא יונח על המלאכים והצבאות. לידת האדם בעבור החכמה.
בספר "יסוד עולם" בארנו השמות1נפש, רוח, נשמה, חיה, יחידה שמתוארת בהן נשמת האדם בכתבי הקדש. שם התבארו טעמי השמות והבדליהן, ועל מה הנחתן. שם הוכחנו כי נפש האדם אצולה ממרומים, ונפשות בעלי החיים מן הארץ; והראנו השרש הנכבד הזה מן התורה. ואין רצוננו לדבר בזה עתה. רק הכונה להודיע שכח החכמה שבו האדם מקבל חכמה איננו נטוע רק בנפש האדם לבדה. ואין כדמותו בנפש שאר בעלי החיים, כי אין בנפשם לוח לצייר עליו ציורי החכמה, ולא כח השומר הצורות המצוירות בנפש וכיוצא בכחות כאלו. לפי שכח החכמה ענין אלהי, ואין צלמו ודמותו בדברים שהן תחת השמש. ולכן נשמת האדם שהיא ממרומים יש בה הכח הזה, לא בנפשות שהן מן הארץ. ועל כן אי אפשר לשום בעל חי שיאסוף אל נפשו ענין של חכמה. אע"פי שיש בגולמו החושים שהן אמצעיים בין כח החכמה והחכמה, והם עינים לראות ואזנים לשמוע, לפי שאין בו כח החכמה. וכן אין בהם כח השכל להשכיל, ולא כח בינה להבין, ולא כח המדע לדעת המושכלות הראשונות ושאר עניני מדע שיתבארו במקומם. לפי שכל אלה הכחות נשגבות מדרכי הדברים התחתונים. ולבד מין אחד ממיני הידיעות נטוע בכל בעל חי. והוא על דרך אחר רחוק מדרכי המדע הנטועים בנפש האדם וכמ"ש במקומו. הא למדת שלא יתכן שום התחברות בין החכמה ובין נפשות בעלי החיים. ומטעם זה לא תמצא בכל כתבי הקדש שהונח לשון חכמה על בעלי חיים זולתי האדם. אין פסוק יוצא מכלל זה. ואם הקורא בספרי אמ"ת2ר"ת איוב, משלי, תהלים ירגיש בשני כתובים שנראים כיוצאים מן הכלל. אל יהרוס הקורא, וידע שמליצותיהן עמוקות. והובאו בחדר האחרון מבית הב' שבספר זה. וכתבנו בהן ענינים חדשים, לא יסורו מדברי הכלל שיסדנו במקום זה.