חדר השני ובו עשרה חלונות המקראות שנזכר בהם תאר "חכם" חכמים חכמה או חכמות שבכל כתבי הקדש, זולתי הנכתבים בספר קהלת ובספרי אמ"ת,1ראשי תיבות: איוב, משלי,תהלים יבאר אותם בפרושים מספיקים:
[בראשית מא, לג]: "ועתה ירא פרעה איש נבון וְחָכָם וישיתהו על ארץ מצרים". פירוש איש חכם הנוהג במנהגיו כפי החכמה, כמו שרמזנו בכלל י"ב, כי למלט את העם מצרת הרעב, צריך שיהיה המנהיג איש חכם, נוהג בחֻקֵי הצדק לשפוט את עם הארץ, שלא יהיה גזל ועושק במדינה. לפי שבעתות הצרה עין הבריות צרה בחברתה, איש אשר לא ישא פנים במכירת התבואות, איש שלא יהיה נבהל להון, איש המכלכל דבריו ומעשיו במשפט, כמה ימכור לאיש [אשר] רבים [הם] אנשי ביתו, וכמה לאיש מעטים אנשי ביתו, איש הנוהג בצדק עם האנשים הזרים הבאים מארצות אחרות לשבור בר, לרחם גם עליהם למלטם ממות. וכן להפך שלא יסחר בתבואות הארץ, וכל כיוצא באלו שהן מדרכי החכמה. ולכן יעץ יוסף לפרעה שיבחר איש חכם הנוהג בחכמה, וישיתהו על ארץ מצרים לנגיד ולשר, כי על ידו תשכון הארץ לבטח. וכל זה לא יתכן להיות בהיות הנגיד בעל שכל ומתפלסף באלהיות, או ע"י חכם בחכמות טבעיות ולמודיות, או בכל מלאכת-מעשה, אם מנהגיו נלוזים מדרך החכמה. ואין צריך לומר שלא תִוָשַׁע הארץ ביד איש המרמה ובעל התחבולות המגונות. ובאמת לא נמצא בכל בארץ מצרים איש חכם, כי חֻקֵי החכמה הם ענינים אלהיים, וכמו שרמזנו בכלל יו"ד, ומי מהם אסף חֻקוֹת השם ב"ה ללכת בהן, (ישעיה יט, יא) ו"אוילים שרי צוען"? זולתי יוסף הצדיק שקבל חֻקֵי החכמה מאביו, ואביו מאבותיו, אב לבנים ספרוה, וכמו שכתבנו בבית הראשון (חדר ו' חלון א'). ופרעה הבין כי יוסף לבדו נוהג בחכמה עליונה, ואעפ"י שלא נתברר לו זה במופת, כי אין על החכמה מופתי הדעת, וכמו שאמרנו בכלל הט', ומאין ידע שמנהגי יוסף בחכמה? הנה נתודע לנו זה בעבור שראה כי רוח אלהים בקרבו לפתור חלומות ולהתיר קשרים, וזה אות שמנהגיו בחכמה, וכמו שבארנו ברחבה בבית הראשון (חדר ז' חלון ב'). דומה למה שקרה למלכת שבא עם המלך שלמה,1מלכים-א י, ב-ג, ז-ח וכמו שיתבאר בספר זה (חדר ו' חלון ד'). ועל זה אמר (בראשית מא, לט) "אחרי הודיע אלהים אותך את כל זאת אין נבון וחכם כמוך", כלומר אין מופת יותר גדול שמנהגיך בחכמה, ושעל ידך תהיה תשועה בארץ, מן ההודעה שהודיעך אלהים ונגלה לך הסוד הנפלא הזה. ולפי שנודע זה לפרעה, בחר ביוסף ושמהו לנגיד על הארץ, וכמו שאמר (מא, מ) "אתה תהיה על ביתי ועל פיך ישק כל עמי". ופה קצרנו, אבל בספר "מעין גנים" שבו נדבר על תאר נבון וכל לשונות של בינה, נרחיבה הדברים בפסוקים אלו, ודברים חדשים יתבארו שם בעז"ה ב"ה.
[בראשית מא, לט] "אין נבון וְחָכָם כמוך". פירוש חכם הנוהג בחֻקֵי החכמה, וכדברי הכלל הי"ב. ומבואר ממה שפרשנו בחלון זה, ובספר "מעין גנים" נדבר עוד על זה.