תהליך הפרדתן של הקהילות בהונגריה ובסלובקיה קדם לזה שבגרמניה: כבר בשנת 1862 (תרכ"ב) הוקמו הקהילות האורתודוקסיות הנפרדות. חבריהן החרימו את כל בתי הכנסת שהוכנסו בהם תיקונים בסדר התפילה והתנגדו ללימוד שפות ולרכישת השכלה כללית. הם גם לא שלחו את ילדיהם ללמוד בבתי הספר שהיו בחסות הממשלה. כל זה התרחש על רקע חדירת ההשכלה והרפורמה, בעקבות האמנציפציה וההשתלבות של קבוצות גדולות בחיי החברה הסובבת. בעקבות זה נוצרו שני זרמים קוטביים ביהדות זו: האורתודוקסי והניאולוגי, וזרם ביניים – הסטטוס קוו.
תהליך זה החל באמצע המאה הי"ט, בתקופה שבה חי אחד האישים שעיצבו את דמותה של האורתודוקסיה ההונגרית והשפעתו עליה ניכרה לדורות – הרב משה סופר (ה"חתם סופר", פרנקפורט דמיין תקכ"ב [1762] – פרשבורג תקצ"ט [1839]), רבה של קהילת פרשבורג החל מתקס"ו (1806) ועד פטירתו.
גישתו הדתית של החתם סופר, "חדש אסור מן התורה", שהושאלה מאיסור התורה לאכול תבואה חדשה עד להנפת העומר בט"ז בניסן, שללה באופן מוחלט כל שינוי במצוות הדת ובמנהגים המסורתיים, והפכה ברבות הימים לקו מנחה בקרב חלקים רחבים של האורתודוקסיה. הוא הקים בעיר את ישיבתו שהלכה וגדלה עם השנים, ותלמידיו נשאו את רוב משרות הרבנות בסלובקיה ובהונגריה.
לפי הנחייתו, כאשר נתמנו לרבנים, הציבו כתנאי מראש הקמת ישיבה בעירם, וכך הוקמו בהשראת ישיבת פרשבורג עשרות ישיבות ברחבי הונגריה וסלובקיה.
החתם סופר היה ידוע באהבתו לארץ ישראל וכמה מבחירי תלמידיו, כדוגמת הרב עקיבא יוסף שלזינגר, התיישבו בירושלים כבר באמצע המאה הי"ט.
בשנת תרכ"ח (1868) התכנס קונגרס נבחר של יהודי הונגריה כדי לקבוע את סדרי הארגון הציבורי היהודי במישור הארצי, המחוזי והמקומי. האורתודוקסים סירבו לקבל על עצמם את התקנות שהוסכם עליהן בקונגרס מחשש שהדבר יפגע באופיין הדתי של הקהילות, לכן פרשו והקימו לעצמם ארגון קהילתי נפרד ועצמאי, באישור השלטונות.
במקביל למאבק הפנימי התנהלה מערכה פוליטית לשם השגת שוויון זכויות. בשנת תרכ"ז (1867), לאחר כינונו של משטר חדש בהונגריה בעקבות ההסדר המדיני עם אוסטריה, נחקק חוק המעניק שוויון זכויות ליהודים. הנאולוגים, שלחמו בעד השגת שוויון הזכויות, קידמו את פני החוק בברכה. לעומת זאת היה יחסם של האורתודוקסים, בדומה לאורתודוקסים בגרמניה, יחס דו- ערכי. מחד גיסא הם שמחו בידיעה שהזכויות יקלו על חייהם, אך מאידך גיסא הם חששו מהתגברות ההשפעה של התרבות ההונגרית ומהתערות בארצות העמים, שמשמעותן הייתה בהכרח פגיעה בזהות היהודית המסורתית וממילא ערעור הציפיית לגאולה המיוחלת בציון. עמדה זאת נקבעה כבר על ידי החתם סופר בראשית המאה התשע עשרה, במשלו המפורסם על האמנציפציה:
משל לבן מלך שחטא על פני אביו שבעתים ולעונש גרשו אביו מעל פניו לארץ רחוקה בין אנשים גסים ופראים. בן המלך בהתחילו להרגיש מצבו החדש, התחרט על חטאיו, ושלח דברי תפלה ותחנונים לאביו להשיבו אליו. אביו שנכמרו רחמיו עליו שמח לחרטת בנו ויקבלו בשתי ידים, אבל הבן שכח מהרה את כל תלאותיו בגולה ושב לדרכו הרעה בימי קדם. וכן היה חוזר חלילה כמה פעמים. פעם כשהיה בארץ רחוקה ערום ועריה, בלי חסות ומחסה, ושסוהו כל עוברי דרך, באה פתאום משלחת גדולה מאביו, מבונים ואמרכלים, ויביאו עמהם הבשורה שהמלך צוה עליהם לבנות בעדו שם טרקלין גדול, ומעתה לא יחסר לו מאומה. אבל הבן מלך בשמעו זאת התפרץ בבכי ויצעק צעקה גדולה ומרה. השליחים נבהלו ויתפלאו. והוא השיב להם, אל תתפלאו, עד עתה שהייתי ערום וערייה הפקר לכל, קוה קויתי, שיחמרו רחמי אבי עלי כבתחלה וישיבני אל בית המלך ששם היא כל חיותי, אבל עתה שאבי בונה לי פלטרין בארץ נכריה זו, מי יודע, עד כמה תתמשך עוד גלותי מבית אבי.
אופייה של היהדות הסלובקית נבדל מאופייה של היהדות הצ'כית, וכך, גם כאשר התאחדו המחוזות למדינה אחת, נשארה יהדות צ'כיה משולבת יותר בתרבות המרכז-אירופאית ומודרנית יותר, ואילו יהדות סלובקיה נטתה להיות בעלת אופי חרדי בנוסח החתם סופר. בתקופה זו התחזקה גם התנועה הציונית בסלובקיה, ואף הנטייה להשתלבות לאומית סלובקית או צ'כוסלובקית גברה. המתח בין הזרמים היהודיים – בין האורתודוקסים לציונים ולקבוצות לאומיות-ליברליות במחלוקת על שילוב המודרנה והיהדות – התחדד, ובתהליך אטי אך עקבי גבר כוחן של הקהילות הנאולוגיות וקהילות הסטטוס קוו.