From as far back as 1406 BCE, we have had a system for checking Torah scrolls against that written by Moshe's own hand.
(ט) דָּבָר אַחֵר, מַהוּ הֵן, אָמַר רַבִּי סִימָא הַיּוֹם קוֹבֵל לִפְנֵי הַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא, אָמַר, רִבּוֹנוֹ שֶׁל עוֹלָם אֵינִי זָז וְאֵינִי שׁוֹקֵעַ וּמשֶׁה קַיָּם. דָּבָר אַחֵר, רַבָּנָן אָמְרֵי כֵּיוָן שֶׁיָּדַע משֶׁה שֶׁהָיָה לוֹ לָמוּת בְּאוֹתוֹ הַיּוֹם, מֶה עָשָׂה, אָמַר רַבִּי יַנַּאי כָּתַב שְׁלשׁ עֶשְׂרֵה תּוֹרוֹת, שְׁנֵים עָשָׂר לִשְׁנֵים עָשָׂר שְׁבָטִים, וְאַחַת הִנִּיחַ בָּאָרוֹן, שֶׁאִם יְבַקֵּשׁ לְזַיֵּף דָּבָר, שֶׁיִּהְיוּ מוֹצְאִים אוֹתָהּ שֶׁבָּאָרוֹן. אָמַר משֶׁה מִתּוֹךְ שֶׁאֲנִי עָסוּק בַּתּוֹרָה שֶׁכֻּלָּהּ חַיִּים, הַיּוֹם שׁוֹקֵעַ וְהַגְּזֵרָה בְּטֵלָה, מֶה עָשָׂה הַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא רָמַז לַשֶּׁמֶשׁ וְהָיָה עוֹמֵד וּמִתְקַשֶּׁה כְּנֶגְדוֹ, אָמַר אֵינִי שׁוֹקֵעַ וּמשֶׁה קַיָּם בָּעוֹלָם, לְפִיכָךְ אִיּוֹב מְפָרְשָׁהּ (איוב ל, כה): אִם לֹא בָכִיתִי לִקְשֵׁה יוֹם, שֶׁנִּתְקַשָּׁה הַיּוֹם כְּנֶגְדוֹ. הֵן, מַהוּ הֵן קָרְבוּ יָמֶיךָ, כְּאָדָם שֶׁאוֹמֵר לַחֲבֵרוֹ פְּלוֹנִי קָבַל עָלֶיךָ לִפְנֵי הַמֶּלֶךְ. (דברים לא, יד): קְרָא אֶת יְהוֹשֻׁעַ, אָמַר לְפָנָיו רִבּוֹנוֹ שֶׁל עוֹלָם, יִטֹּל יְהוֹשֻׁעַ אַרְכִי שֶׁלִּי וֶאֱהֵא חָי, אָמַר הַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא עֲשֵׂה לוֹ כְּדֶרֶךְ שֶׁהוּא עוֹשֶׂה לָךְ, מִיָּד הִשְׁכִּים משֶׁה וְהָלַךְ לְבֵיתוֹ שֶׁל יְהוֹשֻׁעַ, נִתְיָרֵא יְהוֹשֻׁעַ וְאָמַר משֶׁה רַבִּי בּוֹא אֶצְלִי, יָצְאוּ לַהֲלֹךְ, הָלַךְ משֶׁה לִשְׂמֹאלוֹ שֶׁל יְהוֹשֻׁעַ, נִכְנְסוּ לְאֹהֶל מוֹעֵד, יָרַד עַמּוּד הֶעָנָן וְהִפְסִיק בֵּינֵיהֶם, מִשֶּׁנִּסְתַּלֵּק עַמּוּד הֶעָנָן הָלַךְ משֶׁה אֵצֶל יְהוֹשֻׁעַ וְאָמַר מָה אָמַר לְךָ הַדִּבּוּר, אָמַר לוֹ יְהוֹשֻׁעַ כְּשֶׁהָיָה הַדִּבּוּר נִגְלָה עָלֶיךָ יוֹדֵעַ הָיִיתִי מַה מְדַבֵּר עִמְּךָ, אוֹתָהּ שָׁעָה צָעַק משֶׁה וְאָמַר מֵאָה מִיתוֹת וְלֹא קִנְאָה אֶחָת, וּשְׁלֹמֹה מְפָרְשָׁהּ (שיר השירים ח, ו): כִּי עַזָּה כַמָּוֶת אַהֲבָה קָשָׁה כִשְׁאוֹל קִנְאָה, אַהֲבָה שֶׁאָהַב משֶׁה לִיהוֹשֻׁעַ, וּמַה שֶּׁקִּנֵּא משֶׁה בִּיהוֹשֻׁעַ. כֵּיוָן שֶׁקִּבֵּל עָלָיו לָמוּת, הִתְחִיל הַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא מְפַיְסוֹ, אָמַר לוֹ חַיֶּיךָ בָּעוֹלָם הַזֶּה הִנְהַגְתָּ אֶת בָּנַי, אַף לֶעָתִיד לָבוֹא עַל יָדֶיךָ אֲנִי מַנְהִיג אוֹתָן, מִנַּיִן, שֶׁנֶּאֱמַר (ישעיה סג, יא): וַיִּזְכֹּר יְמֵי עוֹלָם משֶׁה עַמּוֹ.
(9) Another opinion: The rabbis taught, when Moses knew that he was about to die on that day, what did he do? Rabbi Yannai said, he wrote thirteen Torah scrolls, twelve for the twelve tribes and one to leave in the ark, so that if someone forges a copy they will be able to check against the one in the ark. Moses said, because I am engaging with the Torah which is all life, when the day ends the decree will be annulled. What did God do, he hinted at the sun and it was stubborn and stood and did not set and said, "I will not set while Moses is alive". Thus Job explained, "Have I not wept at the difficulties of the day?" Because the day was stubborn to him. Thus, what is "For your days have come?" Like a person who says to his friend, accept it from the King. "Call Joshua" (Deuteronomy 31:14) Moses said to God, "Let Joshua take my authority while I am alive." God said to him, "He will do with you as you did with him." Immediately Moses got up and went to Joshua's house. Joshua was afraid but Moses said "Come with me." They went out and Moses walked to the left of Joshua. They went to the Tent of Meeting, the Cloud of Glory came down between them. When the Cloud was removed Moses went to Joshua and asked, "What did the Word of God say to you?" Joshua said, "When the Word was revealed to you, did I know what it said to you?" On that day Moses cried and said, "I would rather have one hundred deaths than one jealousy." And Solomon interpreted this "Love is as strong as death, jealously as hard as the grave." This is the love with which Moses loved Joshua and the jealousy that Moses had of Joshua.
The Torah scroll consists of 304,805 letters. After 3400 years of textual transmission, we find differences in only 9 of those letters, which amount merely to spelling variants (no change to the meaning of the text). Those 9 variants differentiate the isolated Yemenite tradition from the "checked" tradition.
There are specific aspects of the Torah scroll which must be copied precisely.
Though the original practice was for every Jewish male (or perhaps every one of those who knew how to write) to write a Torah for himself, the integrity of the Torah has been protected by the development of a scribal tradition requiring a scribe to be specially trained in over 3000 rules for the writing of a sefer Torah. The command to write one's own sefer Torah is said to be satisfied by the writing or even the mere correction of even one single letter in the scroll.
(א) מִצְוַת עֲשֵׂה עַל כָּל אִישׁ וְאִישׁ מִיִּשְׂרָאֵל לִכְתֹּב סֵפֶר תּוֹרָה לְעַצְמוֹ שֶׁנֶּאֱמַר (דברים לא יט) ״וְעַתָּה כִּתְבוּ לָכֶם אֶת הַשִּׁירָה״. כְּלוֹמַר כִּתְבוּ לָכֶם תּוֹרָה שֶׁיֵּשׁ בָּהּ שִׁירָה זוֹ, לְפִי שֶׁאֵין כּוֹתְבִין אֶת הַתּוֹרָה פָּרָשִׁיּוֹת פָּרָשִׁיּוֹת. וְאַף עַל פִּי שֶׁהִנִּיחוּ לוֹ אֲבוֹתָיו סֵפֶר תּוֹרָה מִצְוָה לִכְתֹּב מִשֶּׁלּוֹ. ואִם כְּתָבוֹ בְּיָדוֹ הֲרֵי הוּא כְּאִלּוּ קִבְּלָהּ מֵהַר סִינַי. וְאִם אֵינוֹ יוֹדֵעַ לִכְתֹּב אֲחֵרִים כּוֹתְבִין לוֹ. וְכָל הַמַּגִּיהַּ סֵפֶר תּוֹרָה וַאֲפִלּוּ אוֹת אַחַת הֲרֵי הוּא כְּאִלּוּ כְּתָבוֹ כֻּלּוֹ:
(1) It is an affirmative precept binding upon every individual Israelite to write a scroll of the Law for his own use, as it is said, "Now therefore write ye this Song for you" (Deuteronomy 31:19). As the Torah is not written in separate sections, this text means, "Write for yourselves the Torah in which this Song is contained." Even if one's ancestors have left a person a scroll, it is a religious duty to write a scroll at his own expense. If he wrote it with his own hand, it is accounted to him as if he had received it from Sinai. If one does not know how to write a scroll, he should get others to write it for him. He who corrects a scroll, even a single letter of it, is regarded as if he had written it completely.
A later ruling allows for one to pay a scribe to write the entire scroll on his behalf, or even to purchase a scroll in order to qualify as having fulfilled the mitzvah.
(א) לכתוב כל אחד ספר תורה לעצמו - שנצטוינו להיות לכל איש מישראל ספר תורה (עי' ספהמ''צ להרמב''ם עשה יח), אם כתבו בידו הרי זה משבח ונאהב מאד, וכמו שאמרו זכרונם לברכה (מנחות ל, א) כתבו כלומר בידו, מעלה עליו הכתוב כאלו קבלו מהר סיני, ומי שאי אפשר לו לכתבו בידו ישכור מי שיכתבנו לו, ועל זה נאמר (דברים לא, יט) ועתה כתבו לכם את השירה הזאת ולמדה את בני ישראל, כלומר כתבו לכם תורה, שיש בה שירה זאת.
(1) For everyone to write a Torah scroll for himself: That we were commanded that each man in Israel must have a Torah scroll (Sefer HaMitzvot LaRambam, Mitzvot Ase 18). If he wrote it with his [own] hand, this is praiseworthy and very dear; and as they, may their memory be blessed, said (Menachot 30a), "If he wrote it" - meaning to say, with his hand - "Scripture attributes [it] to him as if he received it from Mount Sinai." But one who is unable to write with his hand must pay someone to write it for him. And about this it is stated (Deuteronomy 31:19), "And now, write for yourselves this poem and teach it to the Children of Israel" - meaning to say, write for yourselves Torah, which contains this poem.
(א) היא שצונו שיהיה כל איש ממנו כותב ספר תורה לעצמו ואם כתבו בידו מעלה עליו הכתוב כאילו קבלה מהר סיני, ואם אי אפשר לו לכותבו צריך שיקנהו או ישכור מי יכתבהו לו, והוא אמרו כתבו לכם את השירה הזאת. ואין מותר לכתוב אותה פרשיות פרשיות כי רצה באמרו את השירה כל התורה שכוללת זאת השירה. ולשון גמרא (סנהדרין כ"א:) אמר רבה אע"פ שהניחו לו אבותיו ספר תורה מצוה לו לכתוב משלו שנאמר כתבו לכם איתיביה אביי כותב לו ספר תורה לעצמו כדי שלא יתגאה בשל אבותיו מלך אין הדיוט לא. והיתה התשובה לא נצרכה אלא לשתי תורות כדתניא וכותב לו שתי תורות, כלומר שהפרש יש בין מלך והדיוט כי כל איש חייב לכתוב ספר תורה אחד והמלך שנים כמו שהתבאר בפרק שני מסנהדרין (שם). וכבר התבארו משפטי מצוה זו, רוצה לומר כתיבת ספר תורה ותנאיה בפרק שלישי ממנחות ובמסכת שבת פ' ט"ז. (אתם נצבים, הלכות תפילין ומזוזה וספר תורה):
(1) That is that He commanded us that every man among us should write a Torah scroll for himself. And if he writes it with his hand, Scripture accounts it to him as if he received it at Mount Sinai. But if it is impossible for him to write it, he should buy it or hire someone to write it for him. And this is His saying, "write for yourselves this song " (Deuteronomy 31:19). And it is not permitted to write [only] sections. For when He said, "this song," He intended the whole Torah, which includes this song (of Haazinu). And the language of the Gemara (Sanhedrin 21b) is, "Rabbah said, 'Even if his ancestors left him a Torah scroll, it is a commandment to write a scroll of his own, as it is stated, "write for yourselves."' Abaye raised an objection to him (from a baraita concerning the king’s Torah scroll), '"And he writes himself a Torah scroll for himself, so that he does not become proud from the Torah scroll of his ancestors." A king, yes, but an ordinary person, no!'" And the answer was, "No, [the ruling of that baraita] was only necessary [to teach that the king is commanded to write] two Torahs; as it is taught in a baraita, 'And he must write two Torahs for himself.'" This means to say that the difference between a king and an ordinary person is that every man is obligated to write a Torah scroll, whereas a king, two - as it is explained in the second chapter of Sanhedrin. And the regulations of this commandment - meaning to say, the writing of a Torah scroll and its stipulations - have already been explained in the third chapter of Menachot and in Shabbat, Chapter 16. (See Parashat Nitzavim; Mishneh Torah, Tefillin, Mezuzah and the Torah Scroll.)