Besamim Rosh vs Rambam

Besamim Rosh 240
והסופר שכתב המגילה. וביום הפורים[1] כשנכנס בו היין נזרקו כמה דברי מינות מספרי פילוסופי האומות מפיו, ונסתפקת אם המגלה[2] כשרה כיון שאין בה שם אלא סיפור מעשה בעלמא[3]:
תשובה - מגילה הרי היא[4] מן הספרים הקדושים, ואין קורי׳ בו עד שתכתב אשורית על הספר ובדיו, וצריכה שרטוט כאמתה של תורה, ור״ת הצריך עבוד לשמה. מהיכי תיתי יעלה על הדעת שתכשר בכתיבת אפיקורס?

1. אמנם בדינא[5] דידך אומר אני לך שלא כאשר יפתח האחד את פיהו בפקפוקים במקומות אחדי׳ נדון אותו לאפיקורס,
2. והנה בעינינו גדולי ישראל דברו לעתים דברים קשים ואסור לשמעם ונכתב בספר גם מהם כאלה, ה׳ הטוב יכפר בעדי[6],
3. ולא יקרא[7] אפיקורס אלא בבועט בדבר מן הדברים ואפילו במצוה קלה של סופרים, או באומר דעתו בפה מלא בהכחשת התור׳ או הניסים, או אפילו באחת מהן.
4. אבל זה שלא נודע ממנו שעובר עבירה רק שלפרקי׳ הוא מדבר הטינא שבלבו הבא לו מהרהוריו הבאים מחמת לימוד הפילוסופי׳ ואינו מקשה עצמו בתדירת נגד עני׳ מן העני׳ גדולה או קטנה, לא יקרא[8] זה אפיקורס גמור ומין.
5. ואף במרים יד באחד הדבדים להדיא שנעשה בזה מין ואפיקורס, אין מחזיקין למפרע אם לא שהציצו בו ספק מקדמת דנא לא זולת ושלום אשר בהרב רבי יחיאל ז״ל:

1. Speaking doubts based on reading philosophy doesn’t make one a Min or an Apikorus (See Hilkhos Akum 2:3)
2. Many who we consider Gedolim said and wrote problematic things (compare with the Ra’avad on Teshuvah 3:7)
3. An Apikorus is someone who rejects a Mitzvah, even a minor one, or is CERTAIN about their heresy, not someone who expresses doubts (Rambam’s theology necessitates active belief-in, not negation or denial-of. Of course, elsewhere Rambam writes “האומר שאין שם” in Hilkhos Teshuvah, but the thrust of the theology is a “belief-in” theology.)
4. If someone isn't known to be a sinner, they only occasionally express the doubts of their heart which arise from philosophical learning, and doesn't harden themselves constantly against any great or small matter, that's not a total Apikorus or Min. (See Rambam's list of "האומר שאין שם"s in Hilkhos Teshuvah 3)
5. Even if one did something that would clearly and unequivocally qualify them as an Apikorus, that wouldn't Pasul everything they did before UNLESS we have reason to assume they engaged in this before (see Yesodei haTorah 6:8 on an Apikorus who writes a Sefer Torah)

Rambam, Hilkhos Teshuvah 3:7
חֲמִשָּׁה הֵן הַנִּקְרָאִים מִינִים...הָאוֹמֵר שֶׁיֵּשׁ שָׁם רִבּוֹן אֶחָד אֲבָל שֶׁהוּא גּוּף וּבַעַל תְּמוּנָה...
Hasagos haRa'avad, Hilkhos Teshuvah 3:7
למה קרא לזה מין? וכמה גדולים וטובים ממנו הלכו בזו המחשבה לפי מה שראו במקראות ויותר ממה שראו בדברי האגדות המשבשות את הדעות!

Rambam on Mishnah Sanhedrin 10:1, Qafih Translation
כאשר יהיו קיימים לאדם כל היסודות הללו ואמונתו בהם אמתית, הרי הוא נכנס בכלל ישראל...וכאשר יפקפק אדם ביסוד מאלו היסודות הרי זה יצא מן הכלל וכפר בעיקר ונקרא מין ואפיקורוס וקוצץ בנטיעות...

Rambam, Hilkhos Teshuvah 3:7-8
חֲמִשָּׁה הֵן הַנִּקְרָאִים מִינִים: הָאוֹמֵר שֶׁאֵין שָׁם אֱלוֹהַּ וְאֵין לָעוֹלָם מַנְהִיג, וְהָאוֹמֵר שֶׁיֵּשׁ שָׁם מַנְהִיג אֲבָל הֵן שְׁנַיִם אוֹ יוֹתֵר, וְהָאוֹמֵר שֶׁיֵּשׁ שָׁם רִבּוֹן אֶחָד אֲבָל שֶׁהוּא גּוּף וּבַעַל תְּמוּנָה, וְכֵן הָאוֹמֵר שֶׁאֵינוֹ לְבַדּוֹ הָרִאשׁוֹן וְצוּר לַכּל, וְכֵן הָעוֹבֵד כּוֹכָב אוֹ מַזָּל וְזוּלָתוֹ כְּדֵי לִהְיוֹת מֵלִיץ בֵּינוֹ וּבֵין רִבּוֹן הָעוֹלָמִים. כָּל אֶחָד מֵחֲמִשָּׁה אֵלּוּ הוּא מִין:
שְׁלֹשָׁה הֵן הַנִּקְרָאִים אֶפִּיקוֹרְסִין: הָאוֹמֵר שֶׁאֵין שָׁם נְבוּאָה כְּלָל וְאֵין שָׁם מַדָּע שֶׁמַּגִּיעַ מֵהַבּוֹרֵא לְלֵב בְּנֵי הָאָדָם, וְהַמַּכְחִישׁ נְבוּאָתוֹ שֶׁל משֶׁה רַבֵּנוּ, וְהָאוֹמֵר שֶׁאֵין הַבּוֹרֵא יוֹדֵעַ מַעֲשֵׂה בְּנֵי הָאָדָם. כָּל אֶחָד מִשְּׁלֹשָׁה אֵלּוּ הֵן אֶפִּיקוֹרוֹסִים.

Rambam, Hilkhos Yesodei haTorah 6:8
...אֶפִּיקוֹרוֹס יִשְׂרָאֵל שֶׁכָּתַב סֵפֶר תּוֹרָה שׂוֹרְפִין אוֹתוֹ עִם הָאַזְכָּרוֹת שֶׁבּוֹ מִפְּנֵי שֶׁאֵינוֹ מַאֲמִין בִּקְדֻשַּׁת הַשֵּׁם וְלֹא כְּתָבוֹ לִשְׁמוֹ אֶלָּא שֶׁהוּא מַעֲלֶה בְּדַעְתּוֹ שֶׁזֶּה כִּשְׁאָר הַדְּבָרִים, וְהוֹאִיל וְדַעְתּוֹ כֵּן לֹא נִתְקַדֵּשׁ הַשֵּׁם וּמִצְוָה לְשָׂרְפוֹ כְּדֵי שֶׁלֹּא לְהַנִּיחַ שֵׁם לָאֶפִּיקוֹרוֹסִים וְלֹא לְמַעֲשֵׂיהֶם...