1. The background of saying Pirke Avot
תשובות רב נטרונאי גאון - ברודי (אופק) אורח חיים סימן פז
והכי אמר רב נטרונאי גאון, שמותר להתעסק (בשבת) בתלמוד, ומנהג בית רבינו שבבבל שאחר תפלת מנחה בשבת שונין אבות וקנין תורה. ועוד, רגילים ישראל שתפלת מנחה בשבת מקדימין אותה, ותפלת ערבית מאחרין אותה... ובין תפלה לתפלה ישב וידום, מכל מקום להתעסק בתורה טפי עדיף. וזה שאין עוסקין לא מפני שאסור, אלא מפני כבוד משה רבינו ע"ה שנפטר באותה שעה, לקיים: (מו"ק כב סע"ב) "נשיא שמת, כל בתי מדרשות בטלין".
חכם שמת בית מדרשו בטל שסופדין אותו כל שבעה אבל שאר מדרשות עוסקין בתורה אפי' בשעת הספד ואחר ההספד אין תלמידיו מתקבצים בבית מדרשו אלא מתחברים שנים שנים ולומדים בבתיהם. אב בית דין שמת כל מדרשות שבעיר בטלין והרגילין להתפלל בב"ה משנים מקומם. נשיא שמת כל בתי מדרשות שבכל מקום שמספידין אותו בטלים ואחר ההספד אין נכנסים לבית המדרש אלא מתחברי' שנים שנים ולומדין בבתיה' וכל בני העיר מתפללים בבית האבל בין בחול בין בשבת חוץ מקריאת התורה בשבת ושני וחמישי שקורין בב"ה ולא יטיילו בשוק אלא יושבים משפחות משפחות ודָוים כל היום:
(א) משֶׁה קִבֵּל תּוֹרָה מִסִּינַי...
(1) Moses received the Torah at Sinai and transmitted it to Joshua, Joshua to the elders, and the elders to the prophets, and the prophets to the Men of the Great Assembly. They said three things: Be patient in [the administration of] justice, raise many disciples and make a fence round the Torah.
ספר הישר לרבינו תם (חלק התשובות) סימן מה
מנהג הוא לזכרון פטירתו... שקורין מס' אבות וגומרין אותן חמשה פרקים כל מנחת שבת
Alternative Minhag in the Provence
אורחות חיים חלק א דין סדר תפלת מנחה של שבת אות ח
נהגו בהרבה מקומות לומר בין מנחה לערבית האלפא בית מתמניא פסוקים (תהילים קי״ט) והמעלות ואחר עונין קדיש יהא שלמא רבא וכו' ...טעם המעלות לפי שהן נאמרות על לשון בני הגלות וזכר בהם צרת הגלות וזכר בהם ג"כ תוחלת הישועה
והטעם שנהגו לומר צדקתך כתב מר שר שלום כי צדוק דין הוא על שמת משה רבינו ע"ה בשבת במנחה... והקשו עליו כי נראה כי מת בערב שבת דאמרינן בסדר עולם... אלא יש אומרים שנהגו לאומרם כמו צדוק הדין על פושעים שעתידין לחזור לדינם אחר השלמת הסדר מצדיקין את הדין על דינם החוזר כדאמרינן בב"ר מלאך הממונה על הרוחות מכריז בערב שבת ואומר צאו פושעים מגהינם ונוחו כדרך שישראל שובתין. ובמוצאי שבת מכריז ואומ' חזרו פושעים לגהינם שכבר השלימו ישראל את סדריהם... כיון שהתפללו מנחה והוא ערב דואגים על הלילה הבאה שעתידים לחזור לדינם ולפי' מצדיקין עליהם את הדין במנחה.
וכתבו הגאונים כל יום שאומרין בו הלל אין אומרים במנחה צדקתך לפי שההלל הוא על השמחה, וצדקתך הוא לשון צער שהוא כמו צדוק הדין.
3. The background of Uva Letsiyon
תשובות רב נטרונאי גאון - ברודי (אופק) אורח חיים סימן לט
לרב נטרונאי. ששאלתם וקרא זה אל זה ואמר (יש' ו, ג) ותשאני רוח (יח' ג, יב) - מה טעם יש שם לקרות ולתרגם, ומה טעם קבעו אותם חכמים בסדר קדושה.
כך מנהג ראשונים, מקום שיש שם תלמידי חכמים כשהיו מתפללין ונופלין על פניהם ומקדשין, לאחר שעונין אמן יהא שמיה וכו' מביאין נביא וקורין בו כעשרה פסוקים, הן חסר הן יתר, ומתרגמין אותן, ואחר כך אומרים וקרא זה אל זה ואמר ומתרגמין כשם שתרגמו אותה פרשה של נביא, ואומרין ותשאני רוח ומתרגמין אותו, כדי לסיים בשבחו של הקדוש ברוך הוא. ואחר כך מקדשין ועוסקין בתורה - הרוצה במשנה עוסק, הרוצה בתלמוד עוסק - כדי לקיים מה שאמרו חכמים (קידושין ל ע"א, ע"ז יט רע"ב) "לעולם ישלש אדם שנותיו: שליש במקרא שליש במשנה שליש בתלמוד". וכיון שרבתה עניות ודלות והוצרכו תלמידים להתפרנס ממעשה ידיהם ולא היו יכולים לעסוק בתורה תמיד ולהשליש בכל יום, נסמכו על התלמוד בלבד ועזבו מקרא ומשנה, וסמכו על מה שאמרו: "כל הנחלים הולכים אל הים" (קה' א, ז) מקרא משנה ומדרש, ועקרו לקרות בנביא בכל יום אחר תפלה. ואף על פי שעקרו לקרות בנביא, אותן שני פסוקים לא עקרו אותם ועדיין קבועים ועומדים, ומפני מה לא עקרום, שקדוש משולש הוא, קדוש קדוש קדוש (יש' ו, ג), ושלשוהו ג' פעמים בתפילה.
ספר שבלי הלקט ענין תפילה סימן מד
מצאתי בשם רבינו שלמה זצ"ל מנהג הראשונים היה לשהות שעה אחת לאחר תפלתם כדתנן חסידים הראשונים היו שוהין שעה אחת וכו' על זה הוסיפו לומר אשרי יושבי ביתך כלומר השוהין בביתך... ובשבת ויום טוב... אין אנו אומרין ובא לציון גואל בשחרית בשבת וביום טוב שהרי כבר קראו בנביא. ואעפ"כ אומרין אותו במנחה שלא ישתכח בימות החול ומנהג אבות תורה הוא. עוד הוסיפו לומר ואתה קדוש יושב תהלות לפי שהקב"ה משהה שכינתו בתוכינו לשמוע תהלות ישראל
ספר שבלי הלקט ענין שבת סימן קכו
נהגו לומר קודם תפלת המנחה פסוקים של נחמה "אם תשיב משבת רגליך", "אז תתענג", "מה נאוו", "גילי מאד", "הנני שולח מלאכי" וכו' כסדר הכתוב בסדורים. והטעם פי' אחי ר' בנימין נר"ו לפי מה שדרשו רבותינו ז"ל אלמלי שומרין ישראל שתי שבתות כהלכתן מיד נגאלין שנאמר כה אמר ה' לסריסים אשר ישמרו את שבתותי וגו'. וכתיב והביאותים אל הר קדשי. ומצינו באגדה שתחילת הגאולה תהיה בשבת בשעת תפלת המנחה על כן נהגו לומר אלו הפסוקים של נחמה
Could there be a connection with the minhag of saying a Haftarah of Nechemta at Shabbat Mincha, and/or a connection with the saying of Uva Letsiyon Go'eel at the beginning of Shabbat Mincha?
4. Halacha
במנחה [אומרים אשרי ובא לציון ואני תפלתי וגו'] (טור) מוציאין ספר תורה וקורין שלשה אנשים עשרה פסוקים מפרשה הבאה ואפי' חל יו"ט להיות בשבת קוראין בפרשה הבאה ולא בשל יום טוב:
(א) אומרים אשרי ובא לציון וכו' - ומפסיקין בקדיש קודם ואני תפלתי. ואמירת ובא לציון במנחה הוא במקום סדר קדושה דחול ובשבת שמאריכין הרבה בשחרית ומוסף הניחוה עד מנחה [כל בו]:
(ד) ג' אנשים וכו' - במנחה א"א קדיש על הבימה לעולם [היינו בין בשבת בין בתענית] רק לפני העמוד קודם תפלת י"ח וקאי נמי אס"ת דאי יאמרו מיד על הבימה א"כ לפני העמוד לא יאמרו קדיש כי אין במה להפסיק בין הקדישים [יהללו פסוק אחד לא הוי הפסק ואף שאומרים מזמור לה' הארץ אין זה מעיקר הדין] ולעולם ראוי להסמיך הקדיש לתפלת י"ח משא"כ בשחרית יש הפסק באמירת אשרי בינתים ולפ"ז כשאין ס"ת בשבת במנחה לא יאמרו רק פ"א קדיש אחר אשרי ובא לציון ופסוק ואני תפלתי יאמרו אז קודם הקדיש כדי שלא יהא הפסק בין קדיש להתפלה [א"ר וש"א]:
(ו) צדקתך - דמתו בו יוסף משה ודוד ולכן נהגו שלא לקבוע אז מדרש כי חכם שמת כל המדרשות בטלים וב"ח האריך להוכיח שלא מת משה בשבת רק בע"ש ולא נגנז עד שבת במנחה בשעתא דעת רצון וכמ"ש בזוהר ואנו אומרים צדוק הדין עליו בזמן שנגנז וי"מ דאומרים צדקתך להצדיק הדין על הרשעים שחוזרין לגיהנם במו"ש:
(ט) בין מנחה למעריב - היינו כשהוא סמוך לחשיכה ולכן המנהג לדרוש קודם מנחה ואם נמשכה הדרשה עד סמוך לחשיכה אזי לא יאמרו פרקים או שיר המעלות כדי שיוכלו לקיים סעודה ג' בזמנה [מ"א] ובא"ר איתא בשם מלבושי יו"ט שראה לרבו מהר"ל מפראג כמה פעמים שדרש בין מנחה למעריב. וע"כ נראה דבזמנינו אין למנוע זה כידוע שמצוי בעו"ה באיזה מקומות שעוסקין אז כמה אנשים בבהמ"ד בשיחה בטלה ובודאי טוב יותר לשמוע אז דברי מוסר כדי שלא יבואו לזה: